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Entre las partes del edificio nos encontramos con la Iglesia Conventual (actualmente funciona como pequeña capilla), que ha sufrido numerosas modificaciones; dispuesta en la misma dirección que la galería del claustro a la que se adosa, junto a la Sala Capitular, se distingue perfectamente su planta rectangular, dividida en tres tramos a través de dos arcos diafragma rebajados, y cubierta por un alfarje de madera policromado, con decoraciones de lazo mudéjar y apeado en modillones de rollo. Responde a un modelo arcaico y su aspecto civil es indudable. 

El Antiguo Refectorio, situado en la panda este del claustro, y realizado hacia 1393, cuenta con una bodega subterránea- o gran sala cubierta con bóveda de medio cañón realizada en ladrillo-, sobre la que se dispone el refectorio propiamente dicho o gran salón de planta rectangular de tres tramos, cubierto por bóvedas de crucería simple en cuyas claves se hallan las armas del Santo Sepulcro, de Don Lope y del rey de Aragón.

El Refectorio Medieval fue remodelado en 1560, según reza una inscripción, cuando se efectuaron el cambio de la imposta de la sala y el de las ménsulas góticas por volutas y cornisas de tacos, y se añade un arrimadero de cerámica de Muel. Sobre la puerta de acceso se observa el escudo de Don Lope Fernández de Luna.

Las obras realizadas en el siglo XVI fueron, sin duda, de gran envergadura, ya que además de reformar distintas estancias del monasterio medieval, se construyeron nuevas dependencias, como el Nuevo Refectorio y el Mirador. La gran estructura del nuevo refectorio de planta cuadrada presenta en el centro de su segunda planta una gran columna anillada-de basa ática, tercio inferior liso, anillo decorado con ovas y triglifos, dos tercios superiores estriados y capitel decorado asimismo con ovas y triglifos- sobre la que apoya el forjado de madera. En la planta baja se dispone una chimenea de grandes proporciones y tiro rectangular, decorada con dos consolas de volutas y un sobrio arquitrabe que presenta triglifos y metopas lisos, y coronada con una movida cornisa.

El edificio del Mirador se adosa al lado del evangelio de la iglesia, al otro lado del antiguo monasterio; se trata de un gran bloque rectangular de ladrillo, estructurado en tres pisos más un amplio mirador cubierto; como motivos decorativos presenta varios frisos de esquinillas y un alero, asimismo ornamentado con varios frisos de esquinillas.